Os planos especiais de ordenamento do território tem origem na crescente preocupação e reconhecimento da importância das questões ambientais, já relevadas pela Lei de Bases do Ambiente. Assim como, foi enunciada esta preocupação pelo legislador ainda antes, com o primeiro regime de protecção da natureza e das paisagens e com a criação de parques e outras áreas protegidas e reservas (Lei 9/70, de 19 de Junho e Decreto-Lei 613/76, de 27 de Julho).
No entanto, estas politicas sofreram alterações nos anos 90, com contributo internacional, nomeadamente com a Convenção sobre a biodiversidade biológica, realizada em 1992, no Rio e Janeiro.
Dessas alterações, resulta desde logo o alargamento, em 1993 da Rede Nacional de Áreas protegidas e progressiva definição da Rede Natura 2000.
A partir da Lei de Bases da Politica de Ordenamento do Território e de Urbanismo (Lei 48/98, de 11 de Agosto - LBPOTU) e do Regime Jurídico dos Instrumentos de Gestão Territorial (DL 380/99, de 22 de Setembro, alterado pelos DL 53/2000, de 7 de Abril, 310/2003, de 10 de Dezembro e pela Lei 58/2005, de 29 de Dezembro), o sistema português de ordenamento do território passou a estruturar-se em três níveis distintos: o nível nacional - composto pelo Programa Nacional da Política de Ordenamento do Território, pelos planos especiais de ordenamento do território e pelos planos sectoriais-, o nível regional - que integra os planos regionais de ordenamento do território - e o nível municipal - que abrange os planos intermunicipais e municipais de ordenamento do território.
De entre os planos tipificados na lei constam os planos especiais de ordenamento do território, que se trata de uma categoria que abrange, actualmente, os planos de ordenamento de albufeiras de águas publicas, os planos de ordenamento da orla costeira, os planos de ordenamento de áreas protegidas (previstas no RJIGT) e os planos de ordenamento de estuários (presente no no art.º 98, nº 3 da Lei nº 58/2005 - Lei da Água). Fazem também parte dos planos especiais, os planos de ordenamento de parque arqueológico, segundo o art.º 6 do DL nº 131/2002, de 11 de Maio.
Relativamente ao valor dos planos especiais do ordenamento do território, este centra-se no facto de estes planos serem os que mais se encontram vocacionados para áreas ambientalmente sensíveis ou com relevo ambiental. Este tipo de planos tem natureza regulamentar, na medida em que fixam os parâmetros concretos de uso dos solos (art.º 42, nº 1 do RJIGT) e isso determina que tenha natureza vinculativa não apenas de entidades públicas mas também dos particulares (art.º 11, nº 2 da LBPOTU e art.º 3, nº 2 do RJIGT).
Os planos especiais fixam essencialmente, regras de uso de solos, como referi anteriormente, que visa apenas o estabelecimento de regimes de salvaguarda de recursos e valores naturais, considerados de interesse nacional e a permanência dos sistemas indispensáveis à utilização sustentável do território. Uma característica também elementar destes planos especiais, é o facto de terem uma natureza supletiva, que significa que o Estado apenas deve recorrer a eles se os interesses que visam proteger não se encontrarem suficientemente acautelados nos planos municipais de ordenamento do território. No entanto, quanto ao planos de ordenamento de áreas protegidas existe uma particularidade, uma vez que estes tem como que uma existência obrigatório, dada a consequência legalmente prescrita de caducidade da classificação como área protegida se o instrumento de planeamento não tiver entrado em vigor dentro do prazo determinado no acto de classificação.
Nesta medida, e tendo em consideração os elementos caracterizadores dos planos especiais do ordenamento do território, entre eles, a vinculatividade, carácter regulamentar,a supletividade e o âmbito material particularmente sensível,como são a orla costeira, as albufeiras, a arqueologia e os solos, fazem com que estes planos tenham através de uma intervenção pública e política uma importância relevante na protecção do meio ambiente.